| 基于RAD-seq简化基因组测序的河南斗鸡遗传进化研究 |
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| 引用本文： | 殷建玫,朱云芬,薛倩,李国辉,张会永,苏一军,韩威.基于RAD-seq简化基因组测序的河南斗鸡遗传进化研究[J].家畜生态学报,2020,41(5):11-15. |
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| 作者姓名： | 殷建玫 朱云芬 薛倩 李国辉 张会永 苏一军 韩威 |
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| 作者单位： | 江苏省家禽科学研究所国家级地方鸡种基因库,江苏扬州225125;江苏省家禽科学研究所国家级地方鸡种基因库,江苏扬州225125;江苏省家禽科学研究所国家级地方鸡种基因库,江苏扬州225125;江苏省家禽科学研究所国家级地方鸡种基因库,江苏扬州225125;江苏省家禽科学研究所国家级地方鸡种基因库,江苏扬州225125;江苏省家禽科学研究所国家级地方鸡种基因库,江苏扬州225125;江苏省家禽科学研究所国家级地方鸡种基因库,江苏扬州225125 |
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| 基金项目： | 江苏省六大人才高峰项目;国家肉鸡产业技术体系专项;江苏省属公益类科研院所自主科研经费项目;扬州市自然科学基金项目 |
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| 摘 要： | 研究旨在基因组水平上揭示河南斗鸡的遗传进化机制。利用RAD-seq简化基因组测序鉴定河南斗鸡与其他18个地方鸡种、2个引入肉鸡品种的SNP标记,计算遗传统计量,分析河南斗鸡的遗传多样性和遗传结构,鉴定受选择基因。结果表明,在河南斗鸡中鉴定出SNP标记259,412个。与其他18个地方鸡种相比,河南斗鸡的观察杂合度Ho(0.1560)和核苷酸多样度Pi(0.1752)均为最低,近交系数Fis为0.1099,遗传多样性相对匮乏;河南斗鸡的平均遗传分化系数Fst最高(0.2187),平均基因流Nm最低(0.9017),在以引入品种为外群的系统发育树中形成一个独立的分支。通过Fst和θπ检验,在河南斗鸡中鉴定出24个受选择区域、129个受选择基因。GO和KEGG分析表明这些受选择基因主要富集在能量代谢、神经系统发育、运动行为、微管细胞骨架等生物学通路。
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| 关 键 词： | 河南斗鸡 简化基因组测序 遗传进化 |
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