| 山东省主要栽培苹果基因组重测序及SNP芯片位点挖掘 |
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| 引用本文： | 段乃彬,马玉敏,王昆,王效睦,谢坤,白静,杨永义,蒲艳艳,宫永超.山东省主要栽培苹果基因组重测序及SNP芯片位点挖掘[J].分子植物育种,2021,19(21):7055-7066. |
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| 作者姓名： | 段乃彬 马玉敏 王昆 王效睦 谢坤 白静 杨永义 蒲艳艳 宫永超 |
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| 作者单位： | 山东省农业科学院,山东省农作物种质资源中心,济南,250101;中国农业科学院果树研究所,兴城,125100 |
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| 摘 要： | 为促进苹果品种快速鉴定、种质资源评价及选择利用,本研究对山东省31个栽培苹果开展了重测序及SNP位点挖掘研究.样品DNA提取自叶片,并按照Illumina操作手册制备双端文库.经由Hiseq 4000平台对31个苹果基因组进行重测序,共产生了363 Gb的高质量序列,平均每样品12.5 Gb,这代表了苹果基因组大约15.9倍覆盖度.充分满足重测序分析及SNP位点挖掘的需要.错配率比较试验发现随着错配率逐渐升高,比对率逐渐升高至饱和.其中总比对率、成对数据比对率及单端数据比对率与错配率呈现显著相关(P＜0.0001),均符合一元四阶方程(回归系数R2＞0.99).随着错配率提高,比对严谨度降低;基因组覆盖度逐渐升高,杂合位点准确度逐渐提高.采用两种算法所得到的位点,根据'染色体+位点信息'作为特征值取交集,得到高可靠的单碱基SNP位点数据集:共检测到374404个变异,平均每隔1896个位点能够检测到一个变异,桑格验证试验准确度高达98.1％.SNP的功能注释分析结果显示在全部373763个位点中有143269个(38.27％)位于基因间区,25047个(6.7％)位于基因编码区,179426个(47.92％)位于基因上游-下游的2kb区域.在所有编码区SNP里,有13422个是非同义变异位点,11625个是同义变异位点.两种SNP比率为1.15∶1.进一步利用过滤的4DTV位点,采用邻接算法构建的聚类分析结果符合山东省栽培苹果分类的趋势.
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| 关 键 词： | 栽培苹果 基因组 重测序 SNP位点开发 |
SNP Chip Loci Mining and Genome Resequencing of Main Cultivated Apple Varieties in Shandong Province |
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| Duan Naibin,Ma Yumin,Wang Kun,Wang Xiaomu,Xie Kun,Bai Jing,Yang Yongyi,Pu Yanyan,Gong Yongchao.SNP Chip Loci Mining and Genome Resequencing of Main Cultivated Apple Varieties in Shandong Province[J].Molecular Plant Breeding,2021,19(21):7055-7066. |
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| Authors: | Duan Naibin Ma Yumin Wang Kun Wang Xiaomu Xie Kun Bai Jing Yang Yongyi Pu Yanyan Gong Yongchao |
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