牦牛Y染色体基因组单纯型微卫星丰度分析

微卫星或简单序列重复（SSRs）广泛分布于真核生物基因组中，其在物种基因组结构组成和功能中发挥着重要作用。本研究以2021年报道的牦牛（Bos grunniens）Y染色体基因组序列为研究对象，利用生物信息学方法系统分析了其单纯型微卫星的丰度状况。结果表明，在牦牛Y染色体基因组（26.36 Mb）中共发现12 699个1～6个碱基重复的单纯型SSRs，总长为0.33 Mb，平均长度为25.68 bp，相对频率和相对密度分别为481.77 loci/Mb和12 371.73 bp/Mb，提示牦牛Y染色体基因组包含约1.25%的单纯型SSRs。6类单纯型SSRs在牦牛Y染色体上分布不均匀，其中二碱基重复的SSRs最为丰富，总数为5 835个（45.95%），平均长度为27.82 bp，而单碱基和三、四、五、六碱基重复的SSRs所占比例分别为29.79%、9.66%、8.81%、5.57%和0.22%。不同类别的单纯型SSRs其不同重复单元的重复次数存在差异，其中以A、AC、AAC等为重复单元的单纯型SSRs在牦牛Y染色体上所含比例相对较高；各重复单元重复次数的范围分别集中在12～20次（单...