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基于SNP芯片分析邓川牛保种群体的遗传结构
作者姓名:王萍萍  欧国雨  胡娟  李慧英  赵天章
作者单位:大理大学农学与生物科学学院
摘    要:为评价邓川牛保种个体之间的遗传结构,有效保护和利用纯种邓川牛种质资源,本研究使用牛100K SNP芯片对100头邓川牛(46头公牛和54头母牛)保种个体进行了单核苷酸多态性(SingleNucleotide Polymorphism, SNP)测定,通过Plink(V1.90)、GCTA(V1.94)、Mega X(V10.0)和R等软件对邓川牛遗传多样性、亲缘关系、近交程度及家系结构进行分析。结果表明,100头邓川牛保种群体的有效群体含量、平均最小等位基因频率、平均多态信息含量分别为2.6、0.221±0.145、0.244±0.117;邓川牛保种群体的平均观察杂合度、平均期望杂合度分别为0.313±0.147、0.321±0.145。群体平均遗传距离为0.263 8±0.024 4,46头公牛的平均遗传距离为0.264 8±0.021 9;状态同源(Identity by State,IBS)距离矩阵与基因组亲缘关系矩阵(G矩阵)分析结果均表明,邓川牛保种群大多数个体之间具有中等程度的亲缘关系。100头邓川牛个体共检测到3 999个连续性纯合片段(Runs of Homozygos...

关 键 词:邓川牛  SNP芯片  遗传多样性  亲缘关系  家系结构
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