实验用荣昌猪SLA-1等位基因鉴定及分子遗传特征分析

旨在明确实验用荣昌猪SLA遗传背景，深入研究SLA-1分子相关的抗原递呈和免疫应答机制，本研究对27头荣昌猪采集抗凝血，分离外周血淋巴细胞，提取总RNA,设计特异性引物对SLA-1基因进行RT-PCR扩增、克隆和测序，对获得序列的分子特征进行分析。结果显示，荣昌猪中共获得11个SLA-1等位基因，其中，9个为新等位基因，全部获得GenBank登录号和ISAG SLA命名委员会官方命名，SLA-1^*24:01等位基因在该群体中频率最高。SLA-1基因编码区全长1 086 bp,存在127个核苷酸多态位点，非同义单核苷酸多态性位点数高于同义单核苷酸多态性位点数。核苷酸多样度为0.044 9,单倍型多样度为1,平均核苷酸差异数为48.782,G+C含量为64.9%。SLA-1基因编码的361个氨基酸中，有75个氨基酸变异位点；第2和第3外显子编码区多态性最高，且第2外显子区域的氨基酸变异程度高于第3外显子区，组成抗原肽结合槽6个口袋的33个关键氨基酸位点中，11个在人与荣昌猪之间高度保守，与β2-微球蛋白结合的19个关键氨基酸位点中，10个保持一致，CD8分子与MHC结...