| 芯片和重测序在猪遗传结构研究中的应用比较 |
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| 引用本文： | 杨晴,巩静,赵雪艳,朱晓东,耿立英,张传生,王继英.芯片和重测序在猪遗传结构研究中的应用比较[J].畜牧兽医学报,2023(7):2772-2782. |
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| 作者姓名： | 杨晴 巩静 赵雪艳 朱晓东 耿立英 张传生 王继英 |
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| 作者单位： | 1. 河北科技师范学院动物科技学院;2. 山东省农业科学院畜牧兽医研究所山东省畜禽疫病防治与繁育重点实验室;3. 农业农村部畜禽生物组学重点实验室 |
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| 摘 要： | 旨在比较芯片与测序SNP分型技术、标记密度对遗传多样性、系统发生树和近交系数等分析结果的影响，探讨遗传结构分析中低成本、高效的分型方法和适宜的SNP密度。本研究以35头枣庄黑盖猪的CAUPorcineSNP50芯片数据和重测序数据为基础，以重测序数据为“原材料”构建了随机34K、均匀34K、均匀340K和均匀3 400K 4个SNP面板，利用CAUPorcineSNP50芯片和各SNP面板的SNP标记分析了枣庄黑盖猪的遗传多样性、系统发生树和基因组近交系数。结果表明：1)利用芯片SNP标记分析的观察杂合度(observed heterozygosity,HO)(0.385 9 vs. 0.320 0～0.324 1)、期望杂合度(expected heterozygosity,HE)(0.381 3 vs. 0.333 5～0.334 6)、遗传距离(0.305 7 vs. 0.279 8～0.280 6)等遗传多样性指标值均高于各测序SNP面板，利用芯片SNP标记构建的系统发生树与各测序SNP面板存在较大不同，这可能是由于芯片设计中倾向于选...
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| 关 键 词： | SNP芯片 重测序 遗传多样性 系统进化树 基因组近交系数 |
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