| 藏猪呼吸道疾病临床样本中病毒的宏基因组学分析 |
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| 引用本文： | 范燕迪,杨丹娇,叶忠明,张敏,蓝岚,王靖皓,周菡,康润敏,于吉锋,张志东,李彦敏,周泷.藏猪呼吸道疾病临床样本中病毒的宏基因组学分析[J].畜牧兽医学报,2023(9):3836-3847. |
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| 作者姓名： | 范燕迪 杨丹娇 叶忠明 张敏 蓝岚 王靖皓 周菡 康润敏 于吉锋 张志东 李彦敏 周泷 |
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| 作者单位： | 1. 西南民族大学畜牧兽医学院;2. 四川省甘孜藏族自治州畜牧业科学研究所;3. 四川省畜牧科学研究院 |
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| 基金项目： | 西南民族大学中央高校基本科研业务费专项资金项目资助(ZYN2022043)；;四川省自然科学基金资助(2022NSFSC0075)； |
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| 摘 要： | 为了解我国川西高原地区藏猪呼吸道疾病综合征(porcine respiratory disease complex, PRDC)相关病毒的种类和流行情况，本研究从四川省甘孜藏族自治州地区采集藏猪呼吸道样本共计119份，其中健康藏猪鼻拭子66份(来自6个猪场),PRDC明显症状的藏猪鼻拭子、肺组织及肺泡灌洗液53份(11个猪场)。将健康组和发病组样本制成两个pool样提取总核酸反转录成cDNA,建库后使用Illunima novaseq测序。经序列分析表明，健康藏猪呼吸道样品主要以细菌噬菌体为主，动物相关病毒仅检测到疱疹病毒科(Herpesviridae)的mardivirus。发病组样本的病毒种群包括14个病毒科的16种病毒，可引起PRDC的病毒有猪圆环病毒2型(PCV-2)、细环病毒(TTSuV)、猪细胞巨化病毒(PCMV)和非洲猪瘟病毒(ASFV)等。使用SOAPdenovo软件组装出两株PCV-2,三株TTSuV和一株Porprismacovirus的全基因组。遗传演化分析结果显示，两株PCV-2属于PCV-2d亚型，三株TTSuV均属于k2型，其中SCgz-1属于k2b亚型，S...
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| 关 键 词： | 藏猪 呼吸道疾病综合征 病毒宏基因组 重组分析 |
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