藜麦ZF-HD转录因子的全基因组鉴定及其对盐胁迫的响应分析 |
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引用本文: | 时丕彪,王德领,蒋润枝,李斌,晏军,方迪,闫凯旋,顾闽峰.藜麦ZF-HD转录因子的全基因组鉴定及其对盐胁迫的响应分析[J].江苏农业学报,2022,38(2):304-312. |
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作者姓名: | 时丕彪 王德领 蒋润枝 李斌 晏军 方迪 闫凯旋 顾闽峰 |
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作者单位: | 盐城市新洋农业试验站,江苏 盐城 224049 |
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基金项目: | 江苏现代农业(蔬菜)产业技术体系(盐城)推广示范基地项目;江苏省农业科技自主创新基金项目 |
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摘 要: | 以藜麦的高质量基因组为参考,对藜麦锌指同源异型结构域(ZF-HD)转录因子基因CqZF-HD进行全基因组鉴定,并利用生物信息学方法对其编码的蛋白质理化性质、二级结构、亚细胞定位、保守结构域以及基因结构、系统进化关系进行了分析。同时,利用前期转录组测序结果分析了CqZF-HD家族基因在盐胁迫下的表达模式。结果表明,在藜麦中共鉴定出21个ZF-HD转录因子,大部分定位在细胞质,二级结构以无规则卷曲为主,氨基酸序列长度68~284 aa,相对分子质量7.54×103~30.20×103,理论等电点6.01~9.54;每个ZF-HD蛋白都含有ZF或HD保守结构域,系统进化树将其划分为5个亚家族。盐处理下表达分析结果显示,11个CqZF-HD基因响应藜麦盐胁迫,其中8个基因呈上调表达,3个基因呈下调表达,说明ZF-HD家族基因在参与藜麦盐胁迫中发挥着不同的作用。
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关 键 词: | 藜麦 锌指同源异型结构域(ZF-HD) 全基因组 盐胁迫 基因表达 |
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