白耳黄鸡三叉冠性状分析

【目的】对白耳黄鸡三叉冠性状进行分析，以期寻找与三叉冠性状相关的候选单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms, SNP）位点。【方法】60 只白耳黄鸡用于杂交试验，120 只白耳黄鸡用于受精率试验。对 82 只白耳黄鸡采集血样抽提 DNA，用 Illumina 鸡 60 k 芯片进行基因型分型，利用 PLINK 1.90 对分型结果进行质控后，采用 GEMMA 软件对 SNP 与性状进行全基因组关联分析（Genome-wide Association Analysis, GWAS），寻找与白耳黄鸡三叉冠性状显著相关的 SNP 位点。【结果】白耳黄鸡三叉冠呈现常染色体遗传，其种蛋受精率与单冠的白耳黄鸡差异不显著。由 82 只白耳黄鸡群体得到 55 023 个有效 SNP，群体内不存在明显的群体分层。与三叉冠相关的 SNP 位点有 10 个，分别位于第 1、2、3、4、5、12、14 号染色体上，邻近或座落于 SPRY2、NDFIP2、ITGA9、EMC2、TMEM17、EHBP1、SCAF8、TIAM2、HTT、STON2、PRKCD、RBBP6、TNRC6A、MAPK8IP3 基因上。【结论】通过 GWAS 分析发现 10 个 SNP 位点可能与白耳黄鸡三叉冠性状相关。研究结果将为白耳黄鸡的育种提供候选分子标记，为地方鸡标记辅助选择提供新的思路。

Analysis of the Trigeminal Comb Traits in White-ear Yellow Chicken