鸭瘟病毒感染鸭十二指肠黏膜炎症相关基因及调控通路的筛选

试验旨在分析鸭瘟病毒（duck plague virus,DPV）感染樱桃谷鸭后十二指肠黏膜转录组水平的变化,筛选出DPV感染后参与炎症的相关基因和调控通路。DEV-GZ株经腿部肌肉接种35日龄鸭后,于接种后24、48和72 h采集鸭十二指肠黏膜组织样本,提取总RNA进行转录组测序,对数据进行质控与注释,筛选与炎症相关的差异表达基因及调控通路,并应用实时荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证。结果显示,对照组与试验组总计得到21.39 Gb的Clean Bases,测序样本有效序列占原始序列的99%以上,映射率高于83%。鸭接毒DPV后24 h十二指肠黏膜的差异表达基因有221个,参与炎症相关生物学过程的有3个,均为下调基因;接毒DPV后48 h差异表达基因有499个,参与炎症相关生物学过程的有17个,均为下调基因;接毒DPV后72 h差异表达基因有798个,参与炎症相关生物学过程的有20个,其中上调基因13个、下调基因7个。GO数据库分析显示,参与炎症相关的差异表达基因主要是CCR8、CCL19、CCL4、IL-17、IRF1、IFN-γ、SLC11A1等,涉及急性炎症反应、趋化因子受体活性、急性期反应、炎症反应和炎症反应的正调节等生物学过程。KEGG数据库分析显示,差异表达炎症相关基因主要富集在Toll样受体信号通路、NF-κB信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路和炎症性肠病等;实时荧光定量PCR结果显示,IFN-γ和MALT基因的相对表达倍数与转录组结果基本一致。本试验完成了DPV感染樱桃谷鸭十二指肠的转录组测序分析,获取了差异表达基因的功能注释信息,初步揭示了参与DPV感染的炎症相关通路,为深入探究DPV的致病机制提供了理论参考。