基于转录组的荔枝泛素结合酶基因家族的鉴定及表达分析 |
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引用本文: | 董晨,李金枝,郑雪文,王弋,李伟才.基于转录组的荔枝泛素结合酶基因家族的鉴定及表达分析[J].热带作物学报,2022,43(5):882-892. |
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作者姓名: | 董晨 李金枝 郑雪文 王弋 李伟才 |
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作者单位: | 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所/农业农村部热带果树生物学重点实验室,广东湛江 524091 |
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基金项目: | 海南省自然科学基金项目(No.321MS077);;国家荔枝龙眼产业技术体系项目(No.CARS-32-20); |
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摘 要: | 泛素结合酶在泛素化级联反应中居于中心位置,是连接泛素活化酶和泛素连接酶的桥梁,在泛素化系统中发挥着关键作用。本研究基于荔枝转录组数据库,利用生物信息学方法对转录组数据库泛素结合酶UBC基因家族进行鉴定,最终得到28个LcUBC基因家族成员。通过荧光定量PCR技术对LcUBC基因家族在‘妃子笑'荔枝不同组织中进行时空表达分析,并对花穗对照和烯效唑处理花穗发育的不同时期进行表达分析。结果表明:LcUBC基因家族成员对应所编码的氨基酸数分布在85~1146 aa之间,等电点大小在4.03~9.61之间,5个LcUBC蛋白为稳定蛋白,其余均为不稳定蛋白。2个LcUBC蛋白定位于细胞质,2个LcUBC蛋白定位于细胞质和细胞核,1个LcUBC蛋白定位于内质网,其余蛋白均定位于细胞核。系统进化分析结果表明,LcUBC蛋白分为10个亚家族;28个LcUBC基因家族成员在不同组织的表达量存在差异;烯效唑处理‘妃子笑'荔枝花穗与对照相比,烯效唑处理21 d后,LcUBC基因家族成员的多个基因表达量较高。这是在转录组水平分析LcUBC基因家族成员,本研究结果对今后该基因家族的分类、克隆和功能研究提供了参考依据。
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关 键 词: | 荔枝 泛素结合酶 基因家族 表达分析 |
收稿时间: | 2021-10-27 |
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