红鳍东方鲀SREBP-1基因的电子克隆及生物信息学分析

利用斑马鱼的SREBP-1 的氨基酸序列NP_001098599.1 为探针，对红鳍东方鲀基因组数据库进行BLAST 分析，获得红鳍东方鲀（Takifugu rubripes）的固醇调节元件结合蛋白-1 （Sterol regulatory element bindingprotein-1，SREBP-1）的cDNA 序列及相应的氨基酸序列。采用生物信息学方法对其基本理化性质、蛋白质结构及功能结构域进行分析。结果发现红鳍东方鲀SREBP-1 基因的开放阅读框全长3 330 bp，共编码1 109 个氨基酸；红鳍东方鲀SREBP-1 的氨基酸序列与黄斑蓝子鱼、大西洋鲑、斑马鱼、人、牛及原鸡的同源性分别为81%、73%、72%、55%、55%、54%和54%；系统进化分析结果表明，红鳍东方鲀SREBP-1 与黄斑蓝子鱼的进化关系最为密切，亲缘关系最近；红鳍东方鲀SREBP-1 蛋白中α-螺旋较多，该蛋白质氨基端包含1 个bHLH-zip 的结构。

Silico cloning and bioinformatic analysis of SREBP-1 gene in torafugu Takifugu rubripes