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| 斯氏副柔线虫GP基因的克隆、抗原表位预测及生物信息学分析 | |
| 引用本文： | 赵学亮,王梦雅,孙柯,冯陈晨,王文龙.斯氏副柔线虫GP基因的克隆、抗原表位预测及生物信息学分析[J].中国畜牧兽医,2018,45(6):1645-1652. |
| 作者姓名： | 赵学亮 王梦雅 孙柯 冯陈晨 王文龙 |
| 作者单位： | 1. 内蒙古农业大学兽医学院, 农业部动物疾病临床诊疗技术重点实验室, 呼和浩特 010018; 2. 内蒙古农业大学动物科学学院, 呼和浩特 010018 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（31260603）；内蒙古自然科学基金项目（2016MS0341）；内蒙古自治区研究生科研创新资助项目（S20171012913） |
| 摘 要： | 试验旨在克隆斯氏副柔线虫糖蛋白（glycoprotein，GP）抗原基因，并对其进行生物信息学分析。提取斯氏副柔线虫组织RNA，反转录合成cDNA，设计特异性引物以扩增GP基因CDS区，同时将其插入到克隆载体pMD19-T后测序，并对该基因编码蛋白的抗原表位、理化性质、信号肽、跨膜结构域等进行生物信息学预测。结果表明，GP基因开放阅读框（ORF）全长1 149 bp，编码382个氨基酸，其分子式为C1760H2878N458O590S1760，理论分子质量约为40.15 ku，等电点为4.37，无信号肽，总平均亲水性为0.032，不稳定系数为42.43，是疏水、不稳定蛋白；其磷酸化位点分布位于丝氨酸（Ser）、苏氨酸（Thr）和酪氨酸（Tyr）残基上；二级结构分析显示，斯氏副柔线虫GP蛋白以α-螺旋和无规则卷曲为主，与三级结构预测结果一致；抗原表位预测表明，GP蛋白可能有6个B细胞抗原表位和8个T细胞抗原表位，有望用作免疫诊断抗原和疫苗候选抗原。本研究成功克隆了斯氏副柔线虫GP基因，同时进行了系统的生物信息学分析和抗原表位预测，为斯氏副柔线虫病iELISA诊断方法的建立和DNA疫苗的研究提供理论依据。 |
| 关 键 词： | 斯氏副柔线虫 GP基因 抗原表位 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2017-12-29 |
Cloning,Prediction of Epitopes and Bioinformatic Analysis of GP Gene in Parabronema skrjabini |
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| ZHAO Xueliang,WANG Mengya,SUN Ke,FENG Chenchen,WANG Wenlong.Cloning,Prediction of Epitopes and Bioinformatic Analysis of GP Gene in Parabronema skrjabini[J].China Animal Husbandry & Veterinary Medicine,2018,45(6):1645-1652. | |
| Authors: | ZHAO Xueliang WANG Mengya SUN Ke FENG Chenchen WANG Wenlong |
| Institution: | 1. Key Laboratory of Clinical Diagnosis and Treatment Technology in Animal Disease, Ministry of Agriculture, College of Veterinary Medicine, Inner Mongolia Agricultural University, Hohhot 010018, China; 2. College of Animal Science, Inner Mongolia Agricultural University, Hohhot 010018, China |
| Abstract: | |
| Keywords: | Parabronema skrjabini GP gene antigen epitopes bioinformatics |
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