| 丹参EST序列中微卫星分布特征分析 |
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| 引用本文： | 樊洪泓,李廷春,林毅.丹参EST序列中微卫星分布特征分析[J].安徽农业大学学报,2010,37(3). |
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| 作者姓名： | 樊洪泓 李廷春 林毅 |
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| 作者单位： | 安徽农业大学生命科学学院,合肥,230036;安徽农业大学生命科学学院,合肥,230036;安徽省农业科学研究院,合肥,230031 |
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| 基金项目： | 安徽农业大学稳定人才基金，安徽省农科院院长青年创新基金 |
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| 摘 要： | 为了开发丹参表达序列标签微卫星(EST-SSR)功能性分子标记,从公共数据库GenBank中下载获得丹参EST序列10288条,在剔除低质量和冗余的序列后,得到全长为292.561 kb的无冗余EST序列5073条.在这些序列中共发掘出628个SSR,分布在528条EST中,出现频率是10.4%,平均长度为14.47 bp,平均分布频率为每0.47 kb分布一个SSR位点,其中含SSR位点的EST长度主要分布于401～600 bp与601～800 bp之间.在检索出的SSRs中,二核苷酸是主要重复类型,占SSR总数的72.45%;其次是三核苷酸,占SSR总数的26.75%.二核苷酸类型(AG)n、(AT)n和(AC)n和三核苷酸类型(AAG)n、(AGC)n基元是SSR的主要重复类型.本研究为丹参EST-SSR标记的开发和进一步应用提供参考.
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| 关 键 词： | 丹参 EST SSR 特征 |
Informatics analysis of distribution characteristics for SSR in ESTs of Salvia miltiorrhiza |
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| FAN Hong-hong,LI Ting-chun,LIN Yi.Informatics analysis of distribution characteristics for SSR in ESTs of Salvia miltiorrhiza[J].Journal of Anhui Agricultural University,2010,37(3). |
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| Authors: | FAN Hong-hong LI Ting-chun LIN Yi |
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| Institution: | FAN Hong-hong1,LI Ting-chun1,2,LIN Yi1(1.School of Life Sciences,Anhui Agricultural University,Hefei 230036,2.Anhui Academy of Agricultural Sciences,Hefei 230031) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | EST SSR |
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