‘海尔特兹’红树莓果实发育过程中NLPs(NIN-like proteins)转录因子家族的生物信息学分析

为探究‘海尔特兹’红树莓中NLPs(NIN-like proteins)转录因子家族成员的基本特征和表达模式，本研究利用生物信息学技术对‘海尔特兹’红树莓4个发育时期（青果、黄果、红果、深红果）果实的NLP基因家族成员进行分析。结果表明：红树莓中3个NLPs转录因子都含有RWP-RK结构域，其中RuNLP1和RuNLP2的保守基序相同；红树莓的NLPs转录因子家族成员与野草莓和月季的NLPs转录因子家族进化关系最近，且NLPs基因家族的基因扩增发生在单子叶植物和双子叶植物祖先分化之前；RuNLP1和RuNLP2为酸性不稳定的亲水性蛋白质，而RuNLP3为碱性不稳定的亲水性蛋白质；三者都不含信号肽和跨膜结构；RuNLP1和RuNLP2蛋白质均定位于细胞核，而RuNLP3定位于细胞核和叶绿体；二级结构的预测结果显示，结构占比均以无规卷曲为主，α螺旋次之，与三级结构预测结果基本一致，结果较为可靠；RuNLPs转录因子家族成员之间不存在互作现象；RuNLPs基因家族3个成员的表达量随果实逐渐成熟均减少。本研究为RuNLPs转录因子家族在红树莓果实发育过程中的分子机制提供了理论基础。