无辅助因子放线菌抗生素合成关键酶Dpgc的生信分析 |
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引用本文: | 马红梅,杨东伟,黄海,宋宇.无辅助因子放线菌抗生素合成关键酶Dpgc的生信分析[J].山东农业大学学报(自然科学版),2023(2):208-215. |
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作者姓名: | 马红梅 杨东伟 黄海 宋宇 |
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作者单位: | 1. 海南热带海洋学院;2. 海南省热带海洋渔业资源保护与利用重点实验室;3. 热带海洋生物资源利用与保护教育部重点实验室 |
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基金项目: | 海南自然科学基金(421RC591); |
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摘 要: | 为研究万古霉素等抗生素合成关键酶的特征,通过多种生信工具对Dpgc的序列进行分析、预测其理化性质及结构功能。结果显示:Dpgc分布于细胞质中,无信号肽,为亲水性可溶性蛋白,有7个潜在的磷酸化位点。预测到一个结构域,属于巴豆酸酶/烯酰辅酶A(CoA)水合酶超家族,其二级结中主要以α螺旋和无规则卷曲为主;三级结构预测到5种模型,其中模型4的误差小,以它为基础,预测到一个体积为171.52?3的催化口袋。采用swiss-model进行同源建模,结果表明:Dpgc建模结构可靠,可为该酶活性的进一步分析提供理论参考。Dpgc关键酶的生信分析佐证了该酶结构的一些实验研究的结果,为万古霉素等抗生素合成产量的提高提供了参考。
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关 键 词: | 放线菌 抗生素合成酶 生物信息 |
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