濒危植物秀丽兜兰叶绿体基因组特征与系统发育分析 |
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引用本文: | 范继征,李秀玲,李明智,卜朝阳,何荆洲,曾艳华.濒危植物秀丽兜兰叶绿体基因组特征与系统发育分析[J].热带作物学报,2023(6):1097-1105. |
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作者姓名: | 范继征 李秀玲 李明智 卜朝阳 何荆洲 曾艳华 |
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作者单位: | 1. 广西农业科学院花卉研究所;2. 广州佰德生物科技有限公司 |
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基金项目: | 广西自然科学基金项目(No.2020GXNSFBA297136); |
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摘 要: | 秀丽兜兰(Paphiopedilum venustum)具有较高的观赏价值和保护生物学价值,野外资源濒临灭绝,叶绿体基因组(cpDNA)具有基因组小、结构稳定、高度的保守性等优点被广泛用于植物系统发育和物种鉴定,了解秀丽兜兰的叶绿体基因组结构,对揭示兜兰属植物的系统进化关系具有重要意义。本研究通过二代高通量测序技术获得秀丽兜兰叶绿体全基因组序列,利用GeSeq、blast和hmmer软件对叶绿体基因组进行注释,采用MISA、CodonW、fasttree等生物信息学软件对其基因组结构、基因数目、序列重复、密码子偏好性和系统发育进行分析。结果表明:秀丽兜兰叶绿体基因组结构保守,具有典型的环状四分体结构,一对反向重复区(IRs)将大单拷贝区(LSC)和小单拷贝区(SSC)分开,全长158 298 bp,GC含量为35.4%,共注释得到129个基因,包括79个蛋白编码基因,38个tRNA基因、8个rRNA基因和4个假基因;检测到78个SSR位点,以单核苷酸重复和二核苷酸重复为主,分别占84.62%和10.26%,无五核苷酸重复,并且大多由A或T构成;确定了高频密码子32个,90.6%都以A或...
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关 键 词: | 秀丽兜兰 叶绿体基因组 特征分析 系统发育分析 |
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