| 甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系优化与引物筛选 |
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| 引用本文： | 徐刚红,姜子德,沈万宽,罗明珠,饶得花.甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系优化与引物筛选[J].华中农业大学学报,2015,34(6):33-39. |
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| 作者姓名： | 徐刚红 姜子德 沈万宽 罗明珠 饶得花 |
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| 作者单位： | 华南农业大学农学院/农业部华南地区作物栽培科学观测实验站，广州 510642;华南农业大学农学院/广东省微生物信号与病害防控重点实验室，广州 510642;华南农业大学农学院/农业部华南地区作物栽培科学观测实验站，广州 510642;华南农业大学农学院/农业部华南地区作物栽培科学观测实验站，广州 510642;华南农业大学农学院/农业部华南地区作物栽培科学观测实验站，广州 510642 |
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| 基金项目： | 广东省公益研究与能力创新专项（2014A020208094）； 华南农业大学人才引进启动资金项目（13009） |
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| 摘 要： | 以甘蔗黑穗病菌(Sporisorium scitamineum)交配型菌株基因组DNA为模板,在单因素优化试验的基础上,采用L16(45)正交试验设计,对影响甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系的Mg2+、dNTPs、引物、r Taq DNA聚合酶和模板用量5个因素进行优化,建立优化的甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系:DNA模板12.50ng、dNTPs 0.17mmol/L、引物0.46μmol/L、Mg2+1.7 mmol/L、r Taq DNA聚合酶0.85U、1×Buffer(Mg2+free),总体积25μL。应用优化体系从30条SCoT引物中筛选扩增条带清晰且多态性丰富的10条引物,并利用这10条引物对10份地理来源和寄主来源不同的甘蔗黑穗病菌交配型菌株基因组DNA进行SCoT标记,结果共扩增出86条带,多态性比率为58.67%,平均每条引物扩增8.60条。UPGMA聚类分析结果表明:在遗传相似系数为0.75的水平上,可将10个菌株分为3类,聚类结果与菌株的地理来源有一定的相关性。
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| 关 键 词： | 甘蔗黑穗病菌 SCoT标记 体系优化 UPGMA聚类分析 |
| 收稿时间： | 1/6/2015 12:00:00 AM |
Optimization of SCoT-PCR system and screening of polymorphic primers in Sporisorium scitamineum |
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