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源于大豆EST的花生属(Arachis)同源SSR标记的开发及利用
引用本文:洪彦彬,陈小平,刘海燕,周桂元,李少雄,温世杰,梁炫强. 源于大豆EST的花生属(Arachis)同源SSR标记的开发及利用[J]. 作物学报, 2010, 36(3): 410-421. DOI: 10.3724/SP.J.1006.2010.00410
作者姓名:洪彦彬  陈小平  刘海燕  周桂元  李少雄  温世杰  梁炫强
作者单位:广东省农业科学院作物研究所,广东广州 510640
基金项目:国家高技术研究发展计划(863计划)项目,现代农业产业技术体系建设专项;国家自然科学基金项目,广东省自然科学基金项目 
摘    要:通过拼接394 370条大豆EST共获得82 614条Uni-EST,其中2 082条包含2 191个SSR位点,平均每22.96 kb EST出现1个SSR。二核苷酸重复在大豆EST-SSR中占比例最大(63.5%),其次是三核苷酸重复(30.9%);AG/CT在SSR基序(motif)中出现频率最高(35.8%),AT/AT (25.4%)次之。2082条SSR-EST共设计引物685对,其中582对在4个大豆品种中得到有效扩增,98对检测出多态性。582对可扩增引物在花生属中的可转移性分析表明,大豆EST-SSR在花生属9大区组间的可转移性有所差异(12.4%~15.7%),匍匐区组最高,大根区组最低,平均为14.2%。79对可转移性同源标记在花生区组中的多态性分析表明,供试SSR有69个在10野生种间检测出多态性,仅5个在22个栽培品种中具多态性。对引物ES-105在大豆和花生区组中的扩增产物测序结果显示,两个大豆品种间仅SSR位点存在3个AT重复差异,其余序列均一致,而大豆与花生区组间的扩增产物在序列上存在较大差异,花生区组除缺失SSR位点外,侧翼序列也存在频密的插入/缺失和置换。研究结果表明,通过大豆EST开发花生属同源SSR标记具可行性。作为有功能的分子标记,大豆EST-SSR在花生区组内多态性丰富,可直接用于大豆-花生比较基因组研究。

关 键 词:大豆  花生属(Arachis)  EST  SSR
收稿时间:2009-10-12

Development and Utilizaiton of Orthologous SSR Markers in Arachis through Soybean (Glycine max) EST
HONG YanBin,CHEN XiaoPing,LIU HaiYan,ZHOU GuiYuan,LI ShaoXiong,WEN ShiJie,, LIANG XuanQiang Crops Research Institute,Guangdong Academy of Agricultural Sciences,Guangzhou ,China. Development and Utilizaiton of Orthologous SSR Markers in Arachis through Soybean (Glycine max) EST[J]. Acta Agronomica Sinica, 2010, 36(3): 410-421. DOI: 10.3724/SP.J.1006.2010.00410
Authors:HONG YanBin  CHEN XiaoPing  LIU HaiYan  ZHOU GuiYuan  LI ShaoXiong  WEN ShiJie     LIANG XuanQiang Crops Research Institute  Guangdong Academy of Agricultural Sciences  Guangzhou   China
Affiliation:Crops Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences, Wushan 510640, China
Abstract:Lack of sufficient molecular markers hindered current genetic research in peanuts (Arachis hypogaea L.). It is necessary to enrich molecular markers for potential use in peanut breeding programs. Recently, ESTSSRs have received much attention with the higher level of transferability to closely related species and it can be rapidly developed from EST database by data mining at low cost. In this study, we mined SSRs from the soybean EST and analyzed their transferability in peanuts (Arachis hypogaea L.) and i...
Keywords:EST  SSR  Soybean  Arachis  EST  SSR
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