| 云南金花茶转录组序列分析及功能注释 |
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| 作者姓名： | 辛静 李斌 叶鹏 刘成 唐军荣 张贵良 辛培尧 |
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| 作者单位： | 西南林业大学 西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室,云南 昆明 650224;西南林业大学 国家林业和草原局西南地区生物多样性保育重点实验室,云南 昆明 650224;毕节市林业科学研究所,贵州 毕节 551700;西南林业大学 国家林业和草原局西南地区生物多样性保育重点实验室,云南 昆明 650224;云南省大围山国家级自然保护区河口管理分局,云南 河口 661399 |
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| 基金项目： | 云南省林业厅国家公园试点建设项目;云南省林学一级学科建设项目 |
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| 摘 要： | 【目的】深入研究云南金花茶优良性状、基因功能和基因分布特征,可为云南金花茶乃至山茶属植物功能基因的探索以及该物种的遗传保护提供基础生物信息学理论参考。【方法】采用Illumina Hi Seq 2000技术,对云南金花茶叶片进行转录组测序及相关数据分析,在对测序数据整理、de novo组装后,获得Unigene序列,继而利用相关生物信息学数据库进行序列比对。【结果】组装后,共获得95 979条Unigenes,其中N50(拼接转录本不小于总长50%的长度)为1 660 nt,平均长度为1 124 nt,Q20和Q30序列(处理后质量高于20和30的碱基)分别占96.39%和91.28%。经比对,在Nr、Nt、Swiss-Prot中能得到注释的Unigene分别为58 830、43 623、44 315条。在GO中,有41 905条(43.66%)Unigenes注释224 129个GO功能,将其分为3个大类和56亚类,所占比例最多的为生物过程这一类功能。在KOG中,有23 499条(24.48%)Unigenes注释26 430个KOG功能信息,将其分为26个基因功能大类,其中表达量较...
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| 关 键 词： | 云南金花茶 转录组 Unigene 功能 注释 |
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