云锦杜鹃转录组分析

云锦杜鹃Rhododendron fortunei具有很高的园艺观赏价值。由于缺乏相关的遗传信息，云锦杜鹃的多样性、分子辅助育种等工作进展较为缓慢。通过高通量测序技术（Illumina），对云锦杜鹃的转录组进行了测定和分析。通过测序拼接和去冗余共获得84 633条单基因簇（unigene）序列，平均长度为691.4 bp。通过与公共数据库比对成功注释到了35 526条单基因簇，其中与葡萄Vitis vinifera基因相似的序列最多。根据基因本体论数据库（GO）可将23 215个单基因簇归类于生物学过程、细胞组分及分子功能等三大类的55个功能组；真核直系同源基因数据库（KOG）将11 085条单基因簇分为26个功能分类，涉及一般功能预测的单基因簇最多，多达1 970条；以京都基因与基金组百科全书（KEGG）作为参考，依据代谢途径可将9 887个单基因簇定位到272个代谢通路。进一步分析基因注释结果，挖掘获得24个编码MADS-box基因的单基因簇分属于10个不同亚家族。此外，检测到了21 900个简单序列重复（SSR）位点，可用于SSR标记开发。