| 基于 ddRADseq 的马铃薯品种遗传多样性分析 |
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| 引用本文： | 单建伟,索海翠,王 丽,安 康,刘计涛,李成晨,白建明,李小波.基于 ddRADseq 的马铃薯品种遗传多样性分析[J].广东农业科学,2021,48(12):120-128. |
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| 作者姓名： | 单建伟 索海翠 王 丽 安 康 刘计涛 李成晨 白建明 李小波 |
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| 作者单位： | 广东省农业科学院作物研究所/广东省农作物遗传改良重点实验室,广东广州 510640;云南省农业科学院经济作物研究所,云南昆明 650000 |
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| 基金项目： | 广东省农业科学院作物研究所所长基金（201904）；广东省农作物遗传改良重点实验室开放基金（201904）；广东省科技计划项目（2017B020232002）；广东省现代农业产业技术体系创新团队项目（2021KJ111） |
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| 摘 要： | 目的]收集国内外马铃薯品种(系)资源,研究马铃薯种质群体结构和遗传多样性,开发SNP分子标记,为马铃薯品种鉴定、分子标记辅助选择育种奠定基础.方法]提取马铃薯嫩芽基因组DNA,利用限制性内切酶MseI和SacI进行双酶切建库,质量检测合格后用Illumina HiSeq平台进行双末端测序,用BWA软件将测序数据与马铃薯参考基因组进行比对,采用GATK软件进行SNP和InDel变异位点检测,利用ANNOVAR软件进行变异注释,并基于上述变异信息对群体结构进行Structure分析、主成分分析(PCA)和遗传多样性分析.结果]通过简化基因组测序共获得7.50×108条测序reads和2.04×1011个碱基,共检测到39038个变异位点,其中SNP位点36267个,InDel位点2771个;基于上述变异位点的Structure和PCA分析均将研究群体划分为两个亚群,群体系统发生分析表明,G2亚群中的个体聚类在一起,亲缘关系较近,但与其他个体相比G2亚群中的分枝距离中心较远,积累了更多的变异量;群体的平均多态性信息含量PIC=0.3107,期望杂合度He=0.3932,观测杂合度Ho=0.1852,群体自交系数Fis=0.553,表明马铃薯品种(系)间遗传多样性较低;开发了覆盖马铃薯12条染色体且包含120个SNP标记的SNP-Panel,并选取其中的60个标记在46个样品中进行了验证.结论]研究结果为马铃薯遗传多样性研究、分子标记辅助选择育种、分子身份证开发、遗传图谱构建奠定了一定基础.
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| 关 键 词： | 马铃薯 遗传多样性 群体结构 SNP标记 ddRADseq |
Analysis on Genetic Diversity of Potato Varieties Based on ddRADseq |
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| SHAN Jianwei,SUO Haicui,WANG Li,AN Kang,LIU Jitao,LI Chengchen,BAI Jianming,LI Xiaobo.Analysis on Genetic Diversity of Potato Varieties Based on ddRADseq[J].Guangdong Agricultural Sciences,2021,48(12):120-128. |
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| Authors: | SHAN Jianwei SUO Haicui WANG Li AN Kang LIU Jitao LI Chengchen BAI Jianming LI Xiaobo |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | potato genetic diversity population structure SNP marker ddRADseq |
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