| 红脚艾蒿的转录组解析 |
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| 引用本文： | 梅 瑜,徐世强,顾 艳,孙铭阳,周 芳,李静宇,张闻婷,王继华.红脚艾蒿的转录组解析[J].广东农业科学,2021,48(12):174-180. |
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| 作者姓名： | 梅 瑜 徐世强 顾 艳 孙铭阳 周 芳 李静宇 张闻婷 王继华 |
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| 作者单位： | 广东省农业科学院作物研究所/广东省农作物遗传改良重点实验室/广东省道地南药资源保护与利用工程中心,广东广州 510640 |
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| 基金项目： | 肇庆市科技计划项目（2020N13004）；广东省农业科学院中青年学科带头人培养项目（R2019PYJX003）；广东省农业科学院创新基金-产业专项（202148） |
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| 摘 要： | 目的]利用高通量测序技术解析红脚艾(Artemisia rubripes Nakai)的转录组信息特征.方法]通过高通量测序平台Illumina HiSeq 2500对红脚艾进行转录组测序,通过Trinity软件de novo组装获得Unigene,并基于序列同源性对Unigene进行功能注释,得到红脚艾的转录组信息.结果]测序数据经过质控后共获得24126043条高质量的reads,通过de novo组装获得173093个转录本,对组装的转录本去冗余后共获得85991个Unigene,平均长度为616.87 bp,N50为925 bp.共有47216个Unigene在NR、KEGG、COG、KOG、GO数据库获得功能注释,40802个Unigene在NR数据库注释,显示红脚艾与向日葵(Helianthus annuus)的单基因匹配率最高,16846个Unigene被KEGG数据库注释到130条代谢途径中,26171个Unigene被注释到25个KOG功能分类中,23203个Unigene被GO注释到生物过程、细胞组成和分子功能三大类51个功能分类,12810个Unigene被注释到25个COG功能分类中.结论]利用高通量测序技术获得了红脚艾转录组信息特征,这些数据将为后期开展功能基因鉴定、解析化合物次生代谢途径及其调控机制奠定研究基础.
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| 关 键 词： | 红脚艾 高通量测序 转录本 SSR 基因注释 |
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