5种柏科植物叶绿体基因组密码子偏好性分析 |
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引用本文: | 黄思琦,张麒功,叶泽霖,覃兴化,汪其双,林协全,郑智位,林文锋,邹小兴.5种柏科植物叶绿体基因组密码子偏好性分析[J].福建农林大学学报(自然科学版),2024(2):214-220. |
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作者姓名: | 黄思琦 张麒功 叶泽霖 覃兴化 汪其双 林协全 郑智位 林文锋 邹小兴 |
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作者单位: | 1. 福建农林大学林学院;2. 自然生物资源保育利用福建省高校工程研究中心;3. 福建省德化葛坑国有林场 |
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基金项目: | 泉州市科技计划项目(2019N023); |
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摘 要: | 【目的】通过叶绿体基因组密码子偏好性,分析5种柏科植物(秃杉、水杉、杉木、福建柏、日本柳杉)的亲缘关系,筛选出与秃杉亲缘相近者作为异种砧木,为秃杉无性繁殖与规模化生产提供理论参考。【方法】通过NCBI下载并筛选5种柏科植物的蛋白编码序列,使用CUSP、CodonW、SPSS、MAFFT等软件分析密码子偏好性形成模式,并构建聚类树和系统发育树。【结果】5种柏科植物叶绿体密码子的A/T碱基均较多,且第3位以A/T结尾为主;有效密码子数基本高于35,密码子使用偏好性总体较弱;由中性绘图分析、ENC-plot分析、PR2-plot分析可得,密码子偏好性的形成同时受自然选择、碱基突变等多种因素影响,且自然选择是主导因素;通过相对同义密码子分析和最优密码子分析确定AAA、CCA、GCU同时为秃杉、水杉、杉木与福建柏的最优密码子,无以G/C结尾的密码子;秃杉与水杉、杉木、福建柏、日本柳杉共有的最优密码子分别为9、7、11、7个,数量上差异较小;基于相对同义密码子使用度与基于蛋白编码序列构建的进化树结构相似,基于全序列和蛋白编码序列构建的系统进化树均显示秃杉与杉木的亲缘关系最为接近。【结论】叶绿体基因...
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关 键 词: | 秃杉 柏科植物 叶绿体基因组 密码子偏好性 亲缘关系 |
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