延边牛基因组的遗传变异与受选择分析

为研究延边牛种质资源的遗传多样性、群体遗传结构，并挖掘延边牛适应性相关基因。基于75个牛的全基因组数据（延边牛16个，安格斯牛4个、西门塔尔牛8个、海福特牛2个、韩牛8个、中国瘤牛7个、哈萨克牛9个、蒙古牛7个、印度瘤牛6个，西藏牛8个，均来自于NCBI公共数据库），对延边牛血统组成、基因组变异及首选择基因进行分析。结果表明：延边牛具有东亚普通牛和欧洲普通牛血统，其中东亚普通牛血统占78%，欧洲普通牛血统占22%。纯合片段（ROH）统计显示，在所有品种中发现的多数ROH长为0.5～1 Mb。欧洲商业品种（安格斯牛、海福特牛和西门塔尔牛）具有更多的中等（2～4 Mb）及长ROH片段（>4 Mb），表明欧洲商业品种近期受到的人工选择程度极高。延边牛具有最多的0.5～1 Mb短ROH片段，说明延边牛的选育程度比欧洲商业肉牛品种低。基于基因组杂合度揭示的近交系数表明，在所有群体中，安格斯牛的近交系数最高（0.54），中国瘤牛最低（-0.71）。平均基因组核苷酸多样度结果显示，中国瘤牛>印度瘤牛>蒙古牛>哈萨克牛>西藏牛>延边牛>韩牛>西门塔尔牛&...