| 永椿香槐叶绿体基因组密码子偏好性分析 |
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| 引用本文： | 李江飞,原晓龙,李熙颜,王瑜,蔡年辉,陈诗,许玉兰.永椿香槐叶绿体基因组密码子偏好性分析[J].分子植物育种,2023(8):2583-2590. |
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| 作者姓名： | 李江飞 原晓龙 李熙颜 王瑜 蔡年辉 陈诗 许玉兰 |
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| 作者单位： | 1. 西南林业大学,云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室,西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室;2. 云南省林业和草原科学院,云南省森林植物培育与开发利用重点实验室,国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室 |
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| 摘 要： | 为分析永椿香槐叶绿体基因组密码子偏好性使用模式，以永椿香槐叶绿体基因组中的40条蛋白质编码序列为研究对象，利用Codon W 1.4.2和CUSP在线软件对永椿香槐叶绿体基因组进行了中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明，永椿香槐叶绿体基因组密码子不同位置上的GC含量依次是GC1(46.33%)>GC2(39.81%)>GC3(29.58%)，表明叶绿体基因组密码子末位碱基偏好以A和U结尾；其ENC的范围为34.93～55.78，有27个ENC值>45，表明其密码子的偏好性较弱；RSCU>1的密码子中有29个以A、U结尾。中性分析显示，GC12和GC3的相关系数和回归系数分别为0.126 0和0.224 3，相关性不显著；ENC-plot分析显示ENC频数比值在-0.05～0.05间的有12个，这部分基因密码子偏好性主要受选择的影响；PR2-plot分析中，T>A、G>C，说明永椿香槐叶绿体基因组密码子偏好性受多种因素...
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| 关 键 词： | 永椿香槐 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子 |
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