基于文冠果(Xanthoceras sorbifolium Bunge.)基因组SSR标记的开发及初步验证

本研究基于文冠果全基因组信息，开展SSR分子标记鉴定与分析研究。结果表明，文冠果全基因组全长477 586 502 bp，共存在253 336个SSR位点，平均每1 870 bp出现一个SSR位点，GC含量为34.96%；不同染色体上的SSR位点数量不同，其中，SSR位点数量最多的是1号染色体，SSR位点数量最少的是15号染色体。SSR位点的平均长度为18.92 bp，且重复单元中单核苷酸到六核苷酸的数量呈下降趋势。SSR位点的重复次数主要集中在4～13次重复范围内，且同一重复类型，重复次数越多，SSR位点出现的频率越低。文冠果基因组中共存在268种SSR重复类别，重复基元种类随重复次数增加而增加。单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸的重复单元中，出现最多的分别是A/T、AT/AT、AAG/TTC、AAAT/TTTA、AAAAT/TTTTA和AAAACG/TTTTCG，显示出明显的A/T偏好性。虽然不同的SSR重复单元的序列长度有所不同，但其均显示出SSR重复单元的序列长度的增加，而SSR位点数减少的趋势。进一步利用6份不同种源的文冠果对待测引物进行多样性分析，得...