冬凤兰叶绿体基因组密码子使用偏好性分析

为明确冬凤兰叶绿体基因组密码子的使用模式及其影响因素，利用CodonW、CUSP、CHIP等软件对得到的43条序列进行分析。结果表明：冬凤兰叶绿体基因组密码子GC3平均值为27.78%,ENC平均值为47.59，偏好性较弱；GC3碱基组成较GC1、GC2存在显著差异，且3位碱基使用T>A,G>C；结合30个高频密码子和22个高表达密码子，确定GCA、CGU、CGA、AAU、UGU、CAA、GGU、CAU、AUU、UUA、AAA、UUU、CCU、GAA、UCU、UCA、ACU、UAU、GUA等19个密码子为最优密码子。综合分析表明，冬凤兰叶绿体基因组偏好A/U结尾密码，主要受自然选择的影响，同时也受其他如突变和碱基组成等因素的影响，这对应用叶绿体基因工程对其进行性状改良和外源基因表达等具有指导意义。