荔枝GRF基因家族的全基因组鉴定及表达分析 |
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引用本文: | 董晨,郑雪文,王弋,全振炫,李伟才.荔枝GRF基因家族的全基因组鉴定及表达分析[J].热带生物学报,2024(2):190-197. |
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作者姓名: | 董晨 郑雪文 王弋 全振炫 李伟才 |
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作者单位: | 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所/农业农村部热带果树生物学重点实验室 |
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基金项目: | 海南省自然科学基金项目(321MS077);;国家重点研发计划项目(2019YFD1000900);;中央级公益性科研院所基本科研业务专项(1630042022004,1630062023017);;国家荔枝龙眼产业技术体系项目(CARS-32-20); |
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摘 要: | 为揭示荔枝(Litchi chinensis)GFR基因的功能,对荔枝生长调控因子(LcGRF)基因家族进行了全基因组鉴定和分析,并研究其在荔枝中的表达模式。基于荔枝基因组数据库,使用生物信息学软件对LcGRFs家族成员进行全基因组鉴定,分析基本理化性质、染色体定位、基因结构、进化关系、蛋白保守基序、顺式作用元件和时空表达情况进行系统分析。共获得12个GRF基因,不均匀地分布在10条染色体上,内含子2~5个。蛋白保守基序分析发现,荔枝GRF蛋白均含有保守的motif1(WRC)和motif2(QLQ),进化分析LcGRF划分为5个亚家族,LcGRFs启动子上存在大量的光、植物激素、非生物胁迫响应以及生长发育相关的顺式作用元件。不同转录组表达模式结果显示,各个组织中呈现出多样化的表达特征,表明不同成员可能在荔枝不同生长发育过程中发挥调控作用,参与调节荔枝的生长发育。研究显示,荔枝GRF家族成员有12个,划分为5个亚家族。
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关 键 词: | 荔枝 生长调控因子 生物信息 表达模式 |
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