| 基于转录组测序的青藏扁蓿豆EST-SSR标记开发与验证 |
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| 引用本文： | 王英芳,张业猛,刘德梅,沈迎芳,王海庆. 基于转录组测序的青藏扁蓿豆EST-SSR标记开发与验证[J]. 草业科学, 2020, 0(4): 718-727 |
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| 作者姓名： | 王英芳 张业猛 刘德梅 沈迎芳 王海庆 |
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| 作者单位： | 中国科学院高原生物适应与进化重点实验室/中国科学院西北高原生物研究所;中国科学院大学;青海省作物分子育种重点实验室;中国科学院三江源国家公园研究院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31770365);青海省应用基础研究项目(2017-ZJ-784);青海省创新平台建设项目(2017-ZJ-Y14)。 |
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| 摘 要： | 青藏扁蓿豆(Medicago archiducis-nicolai)广泛分布于青藏高原及其毗邻地区,对高海拔极端环境具有极强的适应性。本研究利用高通量转录组测序数据,对青藏扁蓿豆的EST-SSR标记进行了开发。结果发现,随机选取的477对引物中,350对可在青藏扁蓿豆中有效扩增,其中346对引物在扁蓿豆(M. ruthenica)中可实现跨物种扩增。利用其中64对独立遗传且符合哈迪–温伯格平衡的标记引物对青藏扁蓿豆和扁蓿豆野生群体的遗传多样性和群体遗传结构分析发现,两个物种存在明显的种间和种内的遗传分化,且提示种内群体间的遗传分化与地理隔离或环境选择有关。本研究所开发的EST-SSR标记为今后进一步评价青藏扁蓿豆和扁蓿豆的遗传多样性以及解释其适应极端环境的遗传机制提供了重要的研究工具。
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| 关 键 词： | 青藏扁蓿豆 转录组测序 EST-SSR标记 遗传多样性 群体遗传结构 |
Development and verification of EST-SSR markers in Medicago archiducis-nicolai by transcriptome sequencing |
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| WANG Yingfang,ZHANG Yemeng,LIU Demei,SHEN Yingfang,WANG Haiqing. Development and verification of EST-SSR markers in Medicago archiducis-nicolai by transcriptome sequencing[J]. Pratacultural Science, 2020, 0(4): 718-727 |
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| Authors: | WANG Yingfang ZHANG Yemeng LIU Demei SHEN Yingfang WANG Haiqing |
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| Affiliation: | (Key Laboratory of Adaptation and Evolution of Plateau Biota/Northwest Institute of Plateau Biology,Chinese Academy of Sciences,Xining 810001,Qinghai,China;University of Chinese Academy of Sciences,Beijing 100049,China;Key Laboratory of Crop Molecular Breeding of Qinghai Province,Xining 810001,Qinghai,China;Institute of Three-River-Source National Park,Chinese Academy of Sciences,Xining 810001,Qinghai,China) |
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