基于生物信息学探讨猪繁殖与呼吸综合征病毒感染特征及银花甘草汤防治机制

【目的】基于生物信息学分析猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染后的生物标志基因，并对银花甘草汤进行成分鉴定及网络药理学研究，探究银花甘草汤防治PRRSV的作用机制。【方法】通过高通量基因表达(GEO)数据库收集PRRSV感染不同组织或机体的转录组数据，利用GEO2R在线软件筛选差异表达基因，并通过STRING软件构建蛋白互作网络，使用CytoNAC软件筛选核心蛋白，利用GO功能与KEGG通路富集分析确定感染后核心蛋白信号通路及生物学功能变化；选用超高效液相色谱飞行时间串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS)分析并鉴定银花甘草汤组成成分，结合SwissTargetPredication数据库进行活性成分筛选及作用靶点预测，进一步通过网络药理学预测银花甘草汤对PRRSV感染的防治机制。【结果】GEO数据库的5组基因芯片共鉴定出4 476个PRRSV感染后的差异表达基因，蛋白互作分析共筛选出164个核心蛋白。PRRSV感染后的主要基因特征变化为非常规核糖体蛋白S27a(RPS27A)、泛素A-52残基核糖体蛋白融合产物1(UBA52)和RPS家族，生物学功能变化为生物合成工艺和核糖体结构等...