| 基于GEO数据库筛选与水牛肌内脂肪沉积相关的候选基因及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 梁莎莎,于农淇,卢瑛,李厅厅,鄢胜飞,黄健,谭正准,黄荣春,李辉,潘伟军,覃广胜.基于GEO数据库筛选与水牛肌内脂肪沉积相关的候选基因及生物信息学分析[J].中国畜牧兽医,2023(11):4359-4369. |
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| 作者姓名： | 梁莎莎 于农淇 卢瑛 李厅厅 鄢胜飞 黄健 谭正准 黄荣春 李辉 潘伟军 覃广胜 |
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| 作者单位： | 中国农业科学院广西水牛研究所广西水牛遗传繁育重点实验室 |
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| 基金项目： | 广西自然基金项目(2022GXNSFAA035588)；;国家现代农业产业技术体系广西奶水牛产业创新团队项目(nycytxgxcxtd-2021-21-01)； |
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| 摘 要： | 【目的】筛选与水牛肌内脂肪沉积相关的关键基因，为挖掘改善水牛肌内脂肪沉积的分子标记提供参考。【方法】通过GEO数据库下载GSE19586数据集，使用limma R语言程序包筛选广西水牛和青海牦牛36月龄背最长肌的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),使用clusterProfiler R语言程序包分别对上调、下调的DEGs进行GO功能和KEGG通路富集分析，使用STRING在线软件对DEGs进行蛋白互作(PPI)网络分析，并使用Cytoscape 3.9.1软件对其结果进行可视化，筛选排名前二十的枢纽基因。【结果】本研究共筛选出254个DEGs,其中61个上调，193个下调。GO功能富集结果显示，上调DEGs主要富集于肌动蛋白-肌球蛋白细丝滑动、肌球蛋白复合体、肌球蛋白结合、甘油三酯代谢、酰基甘油代谢、中性脂代谢、细胞凋亡信号通路调控等过程；下调DEGs主要富集于短链脂肪酸代谢、不饱和脂肪酸代谢、细胞对酮的反应、细胞基质连接、脂蛋白合成及蛋白质的成熟、加工、聚合等过程。KEGG通路富集结果显示，上调DEGs主要参与代谢途径、脂肪细胞因...
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| 关 键 词： | 水牛 肌内脂肪沉积 差异表达基因 蛋白互作 |
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