西瓜YABBY基因家族的全基因组鉴定与生物信息学分析 |
| |
引用本文: | 于玉红,赵展.西瓜YABBY基因家族的全基因组鉴定与生物信息学分析[J].北方园艺,2023(14):22-29. |
| |
作者姓名: | 于玉红 赵展 |
| |
作者单位: | 1. 开封市蔬菜科学研究所;2. 开封大学信息工程学院河南省高标准农田智能灌溉工程研究中心开封市农业物联网工程技术中心 |
| |
基金项目: | 河南省高等学校重点科研计划资助项目(23A210032);;河南省科技攻关资助项目(222102110447); |
| |
摘 要: | 以西瓜YABBY基因家族为研究对象,利用TBtools、MEGA、ITOL等软件对西瓜YABBY基因家族进行全基因组鉴定与生物信息学分析,包括对西瓜YABBY基因家族的全基因鉴定、染色体定位、基因结构分析、蛋白保守基序分析、系统进化树分析、启动子顺式作用元件分析和共线性分析,以期能够为西瓜YABBY基因的功能研究与分子机制提供参考依据。结果表明:西瓜YABBY基因家族共9个成员,分布于7条染色体上。西瓜YABBY基因编码蛋白质组成的氨基酸数量范围为169~242 aa,蛋白质分子量变化范围为19.07~26.91 kDa,蛋白质理论等电点PI的范围为7.53~9.69。西瓜YABBY基因家族分为3个类群,同一类群具有相同的外显子-内含子排列方式,且具有相似的蛋白保守基序排列。西瓜、拟南芥、水稻、番茄的YABBY基因家族被分为5个亚族,每个亚族均有西瓜YABBY基因成员分布。西瓜YABBY基因启动子区域含有激素应答、光响应、胁迫应答、转录因子结合位点等相关的多种顺式作用元件。西瓜YABBY基因家族共有3对基因存在串联重复和片段复制。
|
关 键 词: | 西瓜 YABBY基因家族 全基因组鉴定 生物信息学 分析 |
|