基于白木香转录组的SSR序列特征分析

为探究白木香的简单重复序列特征，开发SSR分子标记用于白木香种质资源的遗传分化和分子鉴定，本研究鉴定了白木香转录组unigene序列的SSR位点，对其SSR的分布及序列特征进行统计分析，进而设计SSR引物，并验证其SSR引物的多态性。结果表明，在128 712条unigene中共鉴定到9 362个SSR位点，分布频率为7.27%。SSR序列中双碱基重复序列最多，占总SSR的54.90%；白木香双碱基重复序列以AG/CT、AC/GT为主，占34.22%。SSR位点重复次数主要集中在5～11次，占总SSR位点数的96.56%，其中三碱基重复5次的SSR位点数最多，共有1 925个。设计并合成50对引物，其中35对引物可扩增出预期大小条带，扩增效率达到70%。以24个不同白木香个体对35对引物进行扩增，采用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测SSR引物多态性，表明SSR引物具有多态性。研究表明，白木香转录组SSR重复基元类型丰富，分布密度高，多态性高，可用于白木香资源的遗传多样性评价、遗传分化、种质鉴定和分子育种等后续研究。