| 液相芯片“黄海芯1号”在凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死病抗性基础群体遗传评估中的应用 |
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| 引用本文： | 刘绵宇,李旭鹏,孔杰,孟宪红,陈美佳,罗坤,隋娟,代平,张雅文,强光峰,谭建,陈宝龙,曹家旺,李波波,赖晓芳,栾生. 液相芯片“黄海芯1号”在凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死病抗性基础群体遗传评估中的应用[J]. 水产学报, 2023, 47(1): 019417-019417 |
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| 作者姓名： | 刘绵宇 李旭鹏 孔杰 孟宪红 陈美佳 罗坤 隋娟 代平 张雅文 强光峰 谭建 陈宝龙 曹家旺 李波波 赖晓芳 栾生 |
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| 作者单位： | 江苏海洋大学海洋科学与水产学院，江苏省海洋生物资源与环境重点实验室/江苏省海洋生物技术重点实验室，江苏 连云港 222005;中国水产科学研究院黄海水产研究所，农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室 海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室，山东 青岛 266071;邦普种业科技有限公司，山东 潍坊 261312 |
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| 基金项目： | 所级基本科研业务费项目 (20603022020003)；中国水产科学研究院科技创新团队项目 (2020TD26)；山东省农业重大应用技术创新项目 (SD2019YY001)；海南省院士创新平台科研专项 (YSPTZX202104)；湛江市海洋装备与海洋生物揭榜挂帅制人才团队项目 (2021E05032)；现代农业产业技术体系专项 (CARS-48) |
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| 摘 要： | 为评估基因型鉴定芯片在育种群体构建中的应用价值，实验对凡纳滨对虾3个群体(EE、PP和SS)进行急性肝胰腺坏死病(AHPND)副溶血弧菌(VpAHPND)侵染实验，利用自主研发的40K SNP液相芯片“黄海芯1号”获得146尾个体的基因型信息，对群体遗传背景进行了系统调查并估算了AHPND抗性遗传力。VpAHPND浸染实验结果显示，不同群体间存在抗病差异，PP群体的存活性能比EE和SS群体分别高出12.9%和11.6%。利用质控后的38 148个SNP信息构建系统进化树，结果显示群体内同一个家系的个体首先聚在一起，进而同属一个群体的多个家系聚在一起。主成分和遗传结构分析显示，可以准确地将146尾个体划分为3个组，与系统进化树聚类结果一致。遗传多样性分析显示，3个群体的观测杂合度(Ho)平均值为0.25～0.29，多态信息含量(PIC)平均值为0.20～0.23，上述遗传参数达到极显著水平。3个群体间的遗传分化系数(FST)为0.11～0.21，存在中高度遗传分化。基因组近交分析表明，EE、PP和SS...
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| 关 键 词： | 凡纳滨对虾 基础群体 AHPND 育种芯片 遗传多样性 |
| 收稿时间： | 2021-10-24 |
| 修稿时间： | 2022-01-02 |
Application of the liquid chip "Yellow Sea Chip No.1" in genetic evaluation of the base population with resistance to acute hepatopancreatic necrosis disease in Litopenaeus vannamei |
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| LIU Mianyu,LI Xupeng,KONG Jie,MENG Xianhong,CHEN Meiji,LUO Kun,SUI Juan,DAI Ping,ZHANG Yawen,QIANG Guangfeng,TAN Jian,CHEN Baolong,CAO Jiawang,LI Bobo,LAI Xiaofang,LUAN Sheng. Application of the liquid chip "Yellow Sea Chip No.1" in genetic evaluation of the base population with resistance to acute hepatopancreatic necrosis disease in Litopenaeus vannamei[J]. Journal of Fisheries of China, 2023, 47(1): 019417-019417 |
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| Authors: | LIU Mianyu LI Xupeng KONG Jie MENG Xianhong CHEN Meiji LUO Kun SUI Juan DAI Ping ZHANG Yawen QIANG Guangfeng TAN Jian CHEN Baolong CAO Jiawang LI Bobo LAI Xiaofang LUAN Sheng |
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| Affiliation: | Key Laboratory of Marine Biological Resources and Environment of Jiangsu Province, College of Marine Science and Fisheries, Jiangsu Ocean University, Lianyungang 222005, China;Key Laboratory for Sustainable Development of Marine Fisheries, Ministry of Agriculture and Rural Affairs; Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Pilot National Laboratory for Marine Science and Technology (Qingdao); Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, China;BLUP Aquabreed Co., Ltd., Weifang 261312, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Litopenaeus vannamei base population AHPND SNP chip genetic diversity |
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