3个肉牛群体新转录本注释及功能解析

【目的】挖掘肉牛（Bos taurus）新转录本，探讨其潜在功能，为进一步探明牛肉品质差异的遗传机制提供思路。【方法】以平凉红牛、杂交和牛（和牛×平凉红牛）和西门塔尔牛为研究对象，采集其背最长肌，进行RNA-seq测序，构建cDNA文库，将重新组装的测序数据与牛参考基因组序列进行比对分析，优化已注释转录本的信息，挖掘新转录本并对其进行功能富集分析。随机挑选9个显著差异表达的新转录本进行RT-qPCR验证。【结果】对1 081个转录本的5′非翻译区域(UTR)和1 586个转录本的3′UTR分别实现了延伸，并对1 038个转录本的5′和3′UTR都实现了延伸。挖掘新转录本442个，其中92个新转录本在不同群体间表达差异显著(P＜0.05)；GO分析显示，表达差异显著的新转录本在代谢过程、酶催化活性和细胞部分等显著富集；KEGG富集发现，显著差异表达的新转录本显著富集在味觉转导、过氧化物酶、河马（Hippo）和MAPK等信号通路中。RT-qPCR结果与RNA seq结果在定量方面存在差异，但变化趋势一致，说明转录组测序结果可靠。【结论】新转录本通过各种代谢途径和通路广泛参与调控牛肌肉生长、脂肪沉积、疾病和免疫等各项生命活动。