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芝麻菜叶绿体基因组测序及系统发育关系分析
作者姓名:沈海斌  卢盼玲  吴珏  刘军林  魏仕伟  张兆辉
作者单位:1. 上海市农业科学院园艺研究所上海市设施园艺技术重点实验室;2. 上海市奉贤区蔬菜技术推广站;3. 威宁县农业农村局;4. 上海农业生物基因中心;5. 上海市农业科学院庄行综合试验站
摘    要:芝麻菜作为重要的油料作物和食用蔬菜,在中国种类繁多,分布广泛。叶绿体基因组因具有多拷贝,结构保守等优点,常被用于比较基因组学、植物遗传资源研究和系统进化等。本研究利用高通量测序技术对不同品种芝麻菜(Eruca sativa)的叶绿体全基因组进行测序,分析了芝麻菜叶绿体基因组结构特征及系统进化关系。为芝麻菜的分类、分子标记开发和遗传资源研究提供一定理论基础。芝麻菜品种ZY和LY的全基因组大小分别为153 628和153 488 bp,均具有高等植物叶绿体基因组四分体结构,包括大单拷贝区(LSC; 83 325, 83 313 bp)、小单拷贝区(SSC; 17 789, 17 783 bp)和一对反向重复区(IRa/b; 26 257, 26 196 bp)。两者分别注释到112和113个单拷贝基因,其中ZY注释到78个m RAN基因和1个假基因,LY注释到79个mRNA基因,两者均注释到4个rRNA基因和30个tRNA基因。重复序列结果分析表明,ZY和LY叶绿体基因组中分别检测到55条和42条长重复序列;ZY和LY中均发现304个SSR位点,最多的是A/T核苷酸重复。比较基因组学分析结...

关 键 词:芝麻菜(Eruca sativa)  叶绿体基因组  高通量测序  系统发育分析
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