| 基于GBS测序的古蔺野生茶树遗传多样性与群体遗传结构分析 |
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| 引用本文： | 王小萍,刘飞,李明红,张厅,赖谦,刘晓,熊元元,唐晓波,李春华,王云.基于GBS测序的古蔺野生茶树遗传多样性与群体遗传结构分析[J].西南农业学报,2023(6):1141-1149. |
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| 作者姓名： | 王小萍 刘飞 李明红 张厅 赖谦 刘晓 熊元元 唐晓波 李春华 王云 |
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| 作者单位： | 1. 四川省农业科学院茶叶研究所;2. 泸州市经济作物站;3. 古蔺县农业农村局 |
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| 基金项目： | 四川省科技厅应用基础项目(2019YJ0600)；;四川省“十四五”茶树育种攻关项目(2021YFYZ0025)； |
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| 摘 要： | 【目的】研究古蔺县野生茶树的遗传多样性和群体遗传结构，揭示其遗传分化特征。【方法】利用GBS技术对65份野生茶树进行简化基因组测序，基于获得的高质量SNP,对参试野生茶树进行遗传多样性参数、遗传分化Fst变量、系统进化、PCA主成分以及遗传结构分析。【结果】65份野生茶树测序共获得74.48 G数据，540 633 846条高质量reads,通过比对获得769 893个高质量SNP;平均有效等位基因数为1.1284个，多态性位点比例(PPL)为57.33%,观测等位基因数(Na)为0.4267～0.9147,最小等位基因频率(Maf)为0.1514～0.5000,基因多样性指数(Nei)与期望杂合度(He)变化范围分别为0.0632～0.1328和0.0404～0.1233,多态性信息含量(PIC)介于0.0312～0.1025,香农指数(Shi)为0.0576～0.1990,遗传分化指数Fst变化范围为-0.7042～0.4372;遗传结构与系统进化分析可将65份野生茶树材料划分为2个亚群，而PCA分析则可划分为4个亚群。【结论】65份野生茶树遗传多样性指数较低，亲缘关系较近，存在频...
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| 关 键 词： | GBS测序 古蔺 野生茶树 遗传多样性 遗传结构 |
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