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毛竹TIP基因成员鉴定及其响应胁迫的表达分析
作者姓名:朱成磊  杨克彬  高志民
作者单位:国际竹藤中心竹藤资源基因科学与基因产业化研究所 国家林业和草原局/北京市共建竹藤科学与技术重点实验室 北京 100102;国际竹藤中心竹藤资源基因科学与基因产业化研究所 国家林业和草原局/北京市共建竹藤科学与技术重点实验室 北京 100102;国际竹藤中心竹藤资源基因科学与基因产业化研究所 国家林业和草原局/北京市共建竹藤科学与技术重点实验室 北京 100102
基金项目:国家自然科学基金(31971736);国际竹藤中心基本科研业务费专项资金项目(1632018005)。
摘    要:液泡膜内在水通道蛋白(TIPs)在调节植物细胞膨压适应逆境胁迫环境过程中发挥着重要作用。研究毛竹TIP基因成员的分子特征及其在不同逆境胁迫条件下的表达模式,对揭示其在毛竹应答胁迫中的功能具有重要意义。利用生物信息学方法在毛竹基因组中共鉴定19个编码完整TIP蛋白的基因(PeTIP1-1~PeTIP1-3PeTIP2-1~PeTIP2-4PeTIP3-1~PeTIP3-2PeTIP4-1~PeTIP4-7PeTIP5-1~PeTIP5-3);PeTIPs编码氨基酸的长度为238~434 aa,相对分子量为25.06~44.03 kDa;亚细胞位置预测显示,所有PeTIPs均定位于液泡膜上。PeTIPs包含7个保守基序,其中有4个为共有基序,不同成员的Ar/R选择性过滤器具有一定的差异,而Froger's残基均较为保守。系统进化分析显示,来自毛竹、水稻等6个物种的71条TIP氨基酸序列可分为5个分支,各分支中PeTIPs成员依次为3、4、2、7和3个。共线性分析结果表明,PeTIPs成员间共存在10对片段重复,在12个PeTIPs与水稻8个TIP基因间发现18对片段重复,这些重复基因多半发生在PeTIP4s和PeTIP5s中,且基因对的非同义对同义取代比(Ka/Ks)均小于1.0,表明PeTIPs经复制后的功能差异不大。在PeTIPs启动子区域中,发现多种与胁迫、激素响应相关的调控元件。基于叶片RNA-seq数据分析表明,不同PeTIPs响应低温、干旱和强光胁迫的表达模式均存在一定差异,既有显著性变化的成员(如PeTIP1-1PeTIP1-2),也有几乎无变化的成员(如PeTIP5的成员)。qPCR结果显示,在不同胁迫条件下毛竹叶片和根中的PeTIPs的表达模式不同,多数呈现不同程度的显著上调,亦有在某一处理下基因表达变化不明显(如强光下叶片中的PeTIP1-1PeTIP1-3PeTIP4-2;干旱下根中的PeTIP1-1PeTIP1-2),个别基因呈现下调(如低温下叶片中的PeTIP1-1)。毛竹叶片和根中PeTIPs的表达变化模式差异,说明它们在响应不同环境胁迫中可能发挥着不同的作用。

关 键 词:毛竹  液泡膜内在水通道蛋白  分子特征  逆境胁迫  基因表达
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