基于转录组测序的花斑裸鲤SSR、SNP和InDel位点特征分析

为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)良种选育,以花斑裸鲤(2+龄)的鳃、肾脏和肝脏组织为材料,经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000 平台进行转录组测序,并采用MISA和GATK3 软件分析转录组的SSR、SNP和插入缺失标记(InDel)位点特征.结果表明:在 486 221 条Unigenes序列中共发现了 128 727 个SSR,出现频率为 26.47%,平均每 3.76 kb出现1 个SSR;花斑裸鲤SSR包括 6 个重复类型,以单碱基和二碱基重复基元类型为主,分别占总SSR位点数的 46.53%和 42.45%,重复基元类型共 77 种,其中,A/T和AC/GT两种基元的出现频率最高,是花斑裸鲤SSR的优势重复基元;所有重复次数中出现次数最多的为 5～15 次,占所有SSR位点的 87.52%;通过GATK3 软件搜索得到 399 080 个SNP位点,转换类型多于颠换类型,分别占总SNP的 56.29%和 43.71%,转换类型中A/G发生频率略高于C/T,而颠换类型中A/T发生频率最高,C/G发生频率最低;InDel分析显示,从花斑裸鲤转录组Unigenes中共筛选出 254 065 个InDel位点,平均每1 903 bp出现1 个InDel位点,且SNP位点和InDel位点均以含 1 个位点的Unigenes数最多.研究表明,花斑裸鲤转录组中SSR、SNP和InDel位点非常丰富,这些位点对花斑裸鲤种质资源鉴定、种群遗传学研究及保护管理具有重要价值.