| Genbank??½?????????б??(EST)??????????У?GSS???е?SNP???? |
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| 引用本文： | 胡根海,董娜.Genbank????????????б??(EST)??????????У?GSS???е?SNP????[J].贵州农业科学,2016,44(4):21-23. |
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| 作者姓名： | 胡根海 董娜 |
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| 作者单位： | ?????????????????????????Э????????? |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目“棉花早熟不早衰基因型的根系形态和生理机制研究”(31271648)，河南省科技攻关计划项目“转基因耐盐碱陆地棉新材料创制”(142102110126) |
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| 摘 要： | 陆地棉基因组精细定位需要更加丰富的分子标记,为了阐明单核苷酸多态性(SNP)标记资源开发利用的前景,对GenBank数据库中陆地棉表达序列标签(EST)和基因组序列(GSS)进行分析.下载GenBank数据库中公布的陆地棉EST序列及GSS序列,利用DNAStar软件进行叠连群构建及其候选SNP位点分析.结果表明:陆地棉EST序列307414条及GSS序列242015条,EST序列构建3737个叠连群,序列累计10477241 bp.由4条及以上序列组成的叠连群累计序列长度为3761800 bp,发现候选SNP位点1007258个,叠连群平均出现1个SNP位点最低频率为2.32％.GSS序列共构建1517个叠连群,序列累计1625700 bp,发现SNP位点574296个,叠连群平均出现1个SNP位点最低频率为9.18％.陆地棉的EST和GSS均有频率较高SNP位点,GSS出现SNP频率高于EST序列,开发SNP引物3254对.
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| 关 键 词： | ????? ????? SNP??? GenBank |
SNP Discovery in GSS and ESTs of Gossypium hirsutum from GenBank |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Gossypium hirsutum contigs SNP frequency GenBank |
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