路边青叶绿体基因组特征与系统进化分析

【目的】确定药用植物路边青(Geum aleppicum Jacq.)叶绿体基因组结构、特征及基因组成情况，比较其与近缘种的叶绿体基因组结构和系统发育的关系。【方法】以路边青为材料，利用高通量技术测定基因组DNA序列，用NOVO Plasty组装叶绿体基因组，并进行序列分析，采用最大似然法(maximum likelihood ML)构建系统进化树。【结果】(1)路边青叶绿体基因组为典型的4分区域结构，全长为155 911 bp, GC值为35.6%,包括1个大单拷贝区(LSC)、1对反向重复区(IR)和1个短单拷贝区(SSC),序列长度分别为85 384、26 119、18 298 bp。路边青的叶绿体基因组共有132个基因，其中编码蛋白基因、rRNA基因与tRNA基因的数量分别为87、8、37个；(2)根据NCBI公开发布的24个蔷薇亚科植物的叶绿体全基因组信息，筛选出蔷薇亚科植物叶绿体基因组的14个变异位点较高的叶绿体基因间隔区；(3)系统进化分析表明，路边青与同属的Geum macrophyllum Willd.和Geum rupestre(T.T.Yu&C.L.Li)...