| 苦荞全基因组SSR位点鉴定及分子标记开发 |
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| 引用本文： | 蔡齐宗,王佳蕊,陈庆富,李洪有.苦荞全基因组SSR位点鉴定及分子标记开发[J].河南农业大学学报,2022(3):392-400. |
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| 作者姓名： | 蔡齐宗 王佳蕊 陈庆富 李洪有 |
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| 作者单位： | 1. 贵州师范大学荞麦产业技术研究中心;2. 贵州大学山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室 |
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| 基金项目： | 国家重点研发计划项目(2019YFD1001300,2019YFD1001302,2019YFD1001304)；;贵州省科技计划项目(黔科合基础-ZK[2021]重点035)； |
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| 摘 要： | 【目的】系统鉴定苦荞基因组中的SSR位点并开发SSR分子标记，为SSR分子标记在苦荞中的应用奠定基础。【方法】利用MISA1.0软件对苦荞“品苦1号”全基因组序列中的SSR位点进行搜索，同时利用Primer 3.0批量设计引物，并随机选择50对引物进行多态性验证。【结果】共鉴定到148 830个SSR位点，他们分布在苦荞所有8条染色体上，平均每隔3.04 kb就有1个SSR位点。SSR有6种类型，即单核苷酸重复至六核苷酸重复，其中单核苷酸重复(82 047个)、二核苷酸重复(52 039个)和三核苷酸重复(11 699个)最多，占SSR总数的97.95%。全基因组共鉴定出171种碱基重复类型，其中A/T(53.143%)和AT/AT(30.038%)是最丰富的重复类型。共设计出128 706对SSR引物，随机选择合成50对引物对10份苦荞种质进行多态性检测，共有15对引物在苦荞种质中产生了较好的多态性，并可将10份苦荞种质分为4个类群。【结论】苦荞基因组含有丰富的SSR位点，其中单核苷酸重复和二核苷酸重复类型最为丰富，SSR位点平均距离为3.04 kb;开发的SSR分子标记具有良好的多...
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| 关 键 词： | 苦荞 基因组 SSR标记 多态性 |
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