5种文蛤属贝类线粒体基因密码子偏好性分析

为揭示文蛤属贝类线粒体基因组CDS序列密码子偏好性,采用CodonW、Excel 2007、SPSS 16.0和MEGA 5.0等软件对文蛤(Meretrix meretrix)、斧文蛤(M.lamarckii)、丽文蛤(M.lusoria)、短文蛤(M.petechialis)以及皱肋文蛤(M.lyrata)5种文蛤属贝类,并以青蛤(Cyclina sinensis)为参照进行分析。结果表明:文蛤属贝类线粒体基因组偏爱使用U结尾的密码子,使用频率最高的是UCU,其次是ACU,而对C结尾的密码子使用频率最低。5种文蛤属贝类密码子的偏好性反映出了彼此的亲缘关系,即文蛤与短文蛤亲缘关系最近,其次是丽文蛤,与皱肋文蛤和斧文蛤的关系较远,与青蛤关系最远。