| 甘薯Dof基因家族挖掘及表达分析 |
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| 引用本文： | 靳容,蒋薇,刘明,赵鹏,张强强,李铁鑫,王丹凤,范文静,张爱君,唐忠厚.甘薯Dof基因家族挖掘及表达分析[J].作物学报,2022(3):608-623. |
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| 作者姓名： | 靳容 蒋薇 刘明 赵鹏 张强强 李铁鑫 王丹凤 范文静 张爱君 唐忠厚 |
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| 作者单位： | 江苏徐淮地区徐州农业科学研究所/江苏徐州甘薯研究中心/农业农村部甘薯生物学与遗传育种重点实验室;安徽农业大学 |
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| 基金项目： | 国家农业现代产业技术体系建设专项(CARS-11-B-13);农业农村部薯类作物生物学与遗传育种综合性重点实验开放课题(NYBSL201802)资助。 |
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| 摘 要： | 单锌指蛋白超家族Dof (DNA binding with one finger)转录因子广泛参与植物的各种生命活动。以甘薯泰中6号基因组为参照挖掘得到46个甘薯Dof基因,每个家族成员均具有C2C2-Dof锌指结构,按照其在染色体上的位置,命名为IbDof1～IbDof46。该基因家族可分为4个亚家族(A～D),且不同亚族的基因结构和基序的分布差异显著。基序1和基序2存在于所有亚家族中;基序5和基序9只存在于亚家族A中;基序6、基序7、基序8和基序10只存在亚家族D中。IbDof的进化极为保守,共有12对染色体复制事件和5对串联重复序列事件(IbDof2/IbDof3、IbDof12/IbDof13、IbDof9/IbDof10、IbDof28/IbDof29和IbDof32/IbDof33),分歧时间平均是3552万年前和186万年前,Ka/Ks比值范围从0.07(IbDof12/IbDof13)到0.68(IbDof6/IbDof25),且与甘薯野生近缘种Ipomoeatrifida同一染色体上的Dof同源基因对有38对。组织特异性分析表明, IbDof各亚族在各个组织器官中表达...
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| 关 键 词： | 甘薯 Dof基因家族 系统进化 表达分析 |
Genome-wide characterization and expression analysis of Dof family genes in sweetpotato |
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| JIN Rong,JIANG Wei,LIU Ming,ZHAO Peng,ZHANG Qiang-Qiang,LI Tie-Xin,WANG Dan-Feng,FAN Wen-Jing,ZHANG Ai-Jun,TANG Zhong-Hou.Genome-wide characterization and expression analysis of Dof family genes in sweetpotato[J].Acta Agronomica Sinica,2022(3):608-623. |
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| Authors: | JIN Rong JIANG Wei LIU Ming ZHAO Peng ZHANG Qiang-Qiang LI Tie-Xin WANG Dan-Feng FAN Wen-Jing ZHANG Ai-Jun TANG Zhong-Hou |
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| Institution: | (Xuzhou Institute of Agricultural Sciences of Xuhuai District of Jiangsu Province/Xuzhou Sweetpotato Research Center of Jiangsu Province/Key Laboratory of Sweetpotato Biology and Genetic Breeding,Ministry of Agriculture and Rural Affairs,Xuzhou 221131,Jiangsu,China;Anhui Agri-cultural University,Hefei 230036,Anhui,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | sweetpotato Dof gene family evolution analysis gene expression profiling |
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