| 利用高通量测序检测新疆野苹果上的病毒 |
| |
| 引用本文： | 米美璇,张志想,李世访,战斌慧,麦合木提江·米吉提.利用高通量测序检测新疆野苹果上的病毒[J].植物保护,2023,49(6):247-252. |
| |
| 作者姓名： | 米美璇 张志想 李世访 战斌慧 麦合木提江·米吉提 |
| |
| 作者单位： | 1. 新疆农业大学农学院, 农业农村部西北荒漠绿洲农林外来入侵生物防控重点实验室, 乌鲁木齐 830052; 2. 中国农业科学院植物保护研究所, 植物病虫害综合治理全国重点实验室, 北京 100193; 3. 新疆慧尔农业集团股份有限公司, 昌吉 831199 |
| |
| 基金项目： | 国家重点研发计划(2019YFD1001800); 国家自然科学基金(32260660) |
| |
| 摘 要： | 新疆野苹果Malus sieversii (Ledeb.) Roem.是苹果的祖先, 也是重要的育种遗传资源, 常用作砧木。近年来, 新疆野苹果的分布面积骤减, 对其的保护越来越重要。本研究采用高通量测序技术, 对采自新疆伊犁天山野果林的26份样本进行病毒检测, 检测到苹果褪绿叶斑病毒(apple chlorotic leaf spot virus, ACLSV)和苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus, ASPV)。通过RT-PCR检测所有样品(127份), 检测到ACLSV、ASPV和苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus, ASGV), 检出率分别为22%、19.7%和11%。结合RACE PCR技术扩增得到ASGV新疆野苹果分离物基因组全长序列, 暂时命名为ASGV-XJ。去除3′末端poly(A)后的长度为6 506 bp, 有两个彼此重叠的开放阅读框(open reading frame, ORF), ORF1(47-6 364 nt)编码一个241 kD的多聚蛋白, 包含甲基转移酶(methyltransferase)、木瓜蛋白酶(papain-like-protease)、解旋酶(nucleotide triphosphate-binding helicase)、RNA 依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase)和C端的外壳蛋白(coat protein, CP)等; ORF2(4 798-5 760 nt)编码一个36 kD的运动蛋白(movement protein, MP)。系统发育分析表明, 分离物间没有表现出寄主专一性和地理分布规律。上述结果对新疆野苹果的保护工作有重要的参考意义。
|
| 关 键 词： | 新疆野苹果 高通量测序 苹果茎沟病毒 |
| 收稿时间： | 2022/8/16 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2022/9/27 0:00:00 |
Virus detection of Malus sieversii from Xinjiang using high-throughput sequencing |
| |
| MI Meixuan,ZHANG Zhixiang,LI Shifang,ZHAN Binhui,MAIHEMUTI Mijiti.Virus detection of Malus sieversii from Xinjiang using high-throughput sequencing[J].Plant Protection,2023,49(6):247-252. |
| |
| Authors: | MI Meixuan ZHANG Zhixiang LI Shifang ZHAN Binhui MAIHEMUTI Mijiti |
| |
| Institution: | 1. College of Agronomy, Xinjiang Agricultural University, Key Laboratory of Prevention and Control of Invasive Alien Species in Agriculture & Forestry of the North-western Desert Oasis Co-construction by Ministry and Province, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Urumqi 830052, China; 2. State Key Laboratory for Biology of Plant Diseases and Insect Pests, Institute of Plant Protection, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China; 3. Xinjiang Huier Agriculture Group Co., Ltd., Changji 831199, China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Malus sieversii high-throughput sequencing apple stem grooving virus |
|
| 点击此处可从《植物保护》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《植物保护》下载免费的PDF全文 |
|
