蓝莓bZIP转录因子基因预测及其在根中表达分析

利用生物信息学方法对蓝莓bZIP转录因子基因家族进行鉴定分析,分析基因家族的基本结构、保守域以及与拟南芥bZIP基因家族之间的同源进化关系。共鉴定到131个蓝莓bZIP转录因子基因,调取blastp和HMMER检索到的序列ID,根据ID人工去冗余,后进行CDD(conserve domain database)分析,保留特征结构域筛选得到31条基因序列。根据拟南芥的分类标准将其分为9个亚族,分别是A、B、C、D、E、G、I、K、S组,每组所含有的成员数目不等。根据R和RStudio软件进行热图制作,显示不同基因在蓝莓不同组织或是不同pH条件下表达模式有差异,分析热图明确B组、C组、D组、E组bZIP转录因子家族基因成员在蓝莓根系受土壤pH胁迫下起重要抗逆调控作用。