| 小豆 AUX/IAA 基因家族全基因组
鉴定及表达分析 |
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| 引用本文： | 罗永坚,葛 蓉,刘 军,李 清.小豆 AUX/IAA 基因家族全基因组
鉴定及表达分析[J].广东农业科学,2022,49(11):170-182. |
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| 作者姓名： | 罗永坚 葛 蓉 刘 军 李 清 |
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| 作者单位： | 广东省农业科学院农业生物基因研究中心 /
广东省农作物种质资源保存与利用重点实验室，广东 广州 510640 |
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| 基金项目： | 广州市科技计划项目（202102021008）；广东省农业科学院院长基金（202021） |
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| 摘 要： | 【目的】生长素是一种必需的植物激素，而 AUX/IAA 是生长素原初响应因子在环境胁迫中植物
生长和发育中起着至关重要的作用。为了解 VaIAAs 在小豆生长发育过程中的生物学功能，对 VaIAAs 基因家族
进行全基因组鉴定和分析。【方法】利用生物信息学对小豆的 AUX/IAA 进行全基因组鉴定和分析，基于 RNAseq 分析 VaAUX/IAA 基因家族在各组织的表达模式。【结果】在小豆全基因组共鉴定到 41 个 VaIAAs 基因，亚
细胞定位显示均为定位为细胞核。系统发育分析显示来自小豆、拟南芥（Arabidopsis thaliana）和水稻（Oryza
sativa）的 AUX/IAA 蛋白聚集成 6 组。基因结构分析表明，所有基因均含有内含子数目 1~8 个，VaIAAs 基因包
含 1~21 个外显子。顺式作用元件分析发现参与响应生物 / 非生物胁迫顺式作用元件最多，包括最常识别到的
ATTATA.bos、G-box 和 sp1 基序，还发现富集在厌氧诱导响应元件 ARE 和植物抗逆相关的 MYB 元件。蛋白 -
蛋白互作网络分析发现，所有 VaIAAs 均与 ARF 相连，此外还有部分基因与 AXR3（生长素诱导阻遏因子）、MP
（转录因子 B3 家族蛋白）等基因互作。VaIAAs 具有组织特异性，在不同组织的基因表达水平差异较大。
【结论】小豆 AUX/IAA 基因家族的基因结构、系统进化、蛋白质 - 蛋白质网络互作等生物信息学分析结果，将
为揭示小豆 AUX/IAA 基因家族在小豆生长发育过程中的功能提供重要的线索。
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| 关 键 词： | 生物信息学 生长素 小豆 基因家族 基因表达 RNA-seq 分析 |
Genome-wide Identification and Expression Analysis of
AUX/IAA Gene Family Members in Vigna angularis |
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| LUO Yongjian,GE Rong,LIU Jun,LI Qing.Genome-wide Identification and Expression Analysis of
AUX/IAA Gene Family Members in Vigna angularis[J].Guangdong Agricultural Sciences,2022,49(11):170-182. |
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| Authors: | LUO Yongjian GE Rong LIU Jun LI Qing |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | bioinformatics auxin Vigna angularis gene family gene expression RNA-seq analysis |
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