| 基于全长转录组测序的盐生草SSR标记开发及其遗传多样性分析 |
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| 引用本文： | 孙禄娟,何建军,汪军成,姚立蓉,司二静,杨轲,李葆春,马小乐,尚勋武,孟亚雄,王化俊.基于全长转录组测序的盐生草SSR标记开发及其遗传多样性分析[J].草业学报,2022,31(8):199-210. |
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| 作者姓名： | 孙禄娟 何建军 汪军成 姚立蓉 司二静 杨轲 李葆春 马小乐 尚勋武 孟亚雄 王化俊 |
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| 作者单位： | 1.甘肃农业大学省部共建干旱生境作物学国家重点实验室，甘肃省作物遗传改良与种质创新重点实验室，甘肃 兰州 730070;2.甘肃农业大学农学院，甘肃 兰州 730070;3.甘肃农业大学生命科学技术学院，甘肃 兰州 730070 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(32001514);财政部和农业农村部国家大麦青稞产业体系(CARS-05-04B-2);甘肃省教育厅产业支撑计划项目(2021CYZC-12);甘肃省自然科学基金重点项目(20JR10RA507);甘肃省干旱生境作物学国家重点实验室开放基金(GSCS-2019-01);甘肃省高等学校创新能力提升项目(2019A-053);国家973前期研究专项(2014CB160313);甘肃农业大学博士启动经费(GAU-KYQD-2018-02) |
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| 摘 要： | 以盐生草全长转录组数据为基础，用MISA在线软件对盐生草转录组水平SSR位点进行搜索，共鉴定到29640个SSR位点，每SSR的发生频率为4.93 kb。SSR种类包含1~6核苷酸重复类型，重复次数主要为4~20次，其中，三核苷酸重复单位最多，占38.25%；四核苷酸重复单位类型最少，仅占3.26%。鉴定到的327种SSR重复类型中，A/T、AG/CT、ATC/GAT、AAG/CTT重复类型出现次数较多。进一步地，对甘肃18个不同生态点盐生草材料进行SSR标记位点的开发及遗传多样性分析。从检测到的29640个SSR标记中选择218对标记进行多态性筛选，共筛选到多态性较高的33对标记，这些标记共检测得到199个等位基因位点，等位基因数（AN）为3~13个，平均为6.03个；基因多样性指数（GD）为0.583~0.869，平均为0.698；基因型数量（GN）为2~13，平均值为5.88；多态性信息含量（PIC）值为0.527~0.856，平均值为0.623。聚类分析结果表明，18个不同生态点盐生草的遗传相似系数（GS）为0.528~0.859，平均值为0.683。在GS为0.68处，可将供试材料划分为四大类。本研究为盐生草种质资源开发及利用提供了参考依据。
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| 关 键 词： | 全长转录组 SSR重复类型 多态性筛选 聚类分析 |
| 收稿时间： | 2021-06-17 |
| 修稿时间： | 2021-10-29 |
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