| 葫芦巴叶绿体基因组密码子偏好性分析 |
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| 作者姓名： | 杜明川 王伟 鲍海娟 格措 张蕊 王久利 刘晶 |
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| 作者单位： | 1.青海民族大学生态环境与资源学院,青海省特色经济植物高值化利用重点实验室,青海民族大学药用植物资源学凯瑞研究生工作站,青海 西宁 810000;2.青海大学,青海 西宁 810000 |
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| 基金项目： | 国家重点研发计划课题(2022YFD1602304)资助; |
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| 摘 要： | 为探究葫芦巴(Trigonellafoenum-graecum L.)叶绿体基因组密码子的使用偏好性,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对筛选到的50条蛋白质编码序列密码子进行分析.结果表明:葫芦巴叶绿体基因组密码子末位碱基以A/U为主,GC含量仅为26.25％.ENC取值范围为35.05～53.66,且ENC值>45的有20个,说明葫芦巴大部分基因编码序列的密码子偏性较强.RSCU≥1的密码子有30个,其中16个以U结尾、13个以A结尾.中性绘图分析、ENC-plot分析及PR2-plot偏倚分析结果发现,葫芦巴叶绿体基因组密码子使用偏好性受到突变压力等多种因素的影响,主要因素为自然选择.最终筛选出GCU,AGA,CGU等21个密码子为最优密码子.
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| 关 键 词： | 葫芦巴 叶绿体基因组 密码子偏好性 选择 最优密码子 |
| 收稿时间： | 2023-08-14 |
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